일본은 4개의 큰 섬과 3,000개의 작은 섬의 나라, 인구는 1억2천만이며, 1549년 스페인선교사에 의하여 처음 기독교가 들어가고 권력층의 보호로 17세기 초에는 70만의 신자에 이르렀었다. 1587년 도요토미히데요시의 선교사추방을 시작으로 250년간 기독교인들이 살해당하고, 사회적으로 금지를 당하다가 1873년 메이지유신으로 문호가 개방되면서 러시아정교회와 개신교의 일본진출이 시작되고 선교활동과 문화, 사회 활동으로 서구문물이 일본에 전해지기 시작하였다. 그러나 지금 일본의 복음화율은 0.5% 미만이며 수많은 신흥 종교가 있으나 실상은 모두 악세사리에 지나지 않는 형식에 불과하고 수많은 우상들을 섬기고 있다. 일본인은 사후에 대한 의식보다 금세에 육체와 물질로 향락을 추구함으로 성도덕이 심히 문란하다. 그럼에도 신실한 일본의 교인들은 은혜를 사모하며 영적으로 갈급해 하며 훌륭한 평신도들을 많이 배출하였다.

본선교회는 1990년대 초반부터 일본 선교를 시작하여 현재까지 지속적으로 사역을 감당하고 있다. 동경에 소재한 지노하떼 선교 신학교를 통하여 현지 및 한인 사역자들을 배출하고 있으며 지노하떼 교회의 빈민 사역은 매주 약 1500명의 노숙자들에게 영육간의 양식을 제공하며  영혼 구령의 전초 기지로서 강팍한 일본 영혼의 구원의 역사를 이루고 있다.